«صبح بخیر آقای رئیس‌جمهور» روایتی کوتاه از سیاست و زندگی سه رئیس‌جمهور مختلف است: رئیس‌جمهور پیر، کیم جونگ‌هو در پایان دوره‌اش؛ رئیس‌جمهور جوان، چا جی‌وو که در سیاست خارجی مهارت دارد و بسیار مصمم است؛ و یک رئیس‌جمهور زن به نام هان کیونگ‌جا. آن‌ها بر سر انتخاب‌هایی که باید بین سیاست و اخلاق انجام دهند، مستأصل هستند. رنج کیم جونگ‌هو که در قرعه‌کشی برنده می‌شود، عذاب چا جی‌وو که عضوی از بدنش را اهدا می‌کند و مشکلات هان کیونگ‌جا که با بحران طلاق روبروست.

در اواخر دهه ۱۷۰۰ در کره، بانو چو، لرد جو-وون هوسران را به چالش می‌کشد تا صیغه جوان و باکره همسرش را اغوا کرده و با او همخوابه شود. بانو چو موافقت می‌کند که در صورت موفقیت جو-وون، با او همخوابه شود.